海洋公民基金會

中科四期的開發，引發部分地方農漁民強烈反彈，尤其是廢水排放，更是引爆一連串的抗議，不過開發案的還是有條件通過環評，儘管當時決議，廢水可以排入舊濁水溪或濁水溪，行政院長吳敦義還是承諾，拉專管到外海排放，降低汙染。因此中科管理局要花60億拉34公里的管線，排到彰化外海，也評估汙染影響非常輕微。

不過中科管理局也調查到，現在彰化沿海的魚、魚肉重金屬砷含量已是食用限值2.5倍，漁蝦的內臟，分別有砷、鎘、銅、鋅等重金屬濃度，通通超過安全限值，其中，斑海鯰魚肝的鋅含量，更是安全值的7.5倍。有學者憂心，以後這些水產品恐怕都不能吃了。

漁業署也擔心汙染會惡化，認為海洋放流口，應該向外海再外移。而環評委員更呼籲開發單位，應該盡量去降低汙染量，不要只想要靠大海稀釋汙染。

為了釐清中科四期廢水海洋放流，對海洋生態與漁業資源有什麼衝擊，環保署因此舉行專家會議要來釐清。儘管中科管理局強調，花這麼高的成本海放，已經確保汙染、絕對能被海水稀釋的很低，不過學者認為，要確保海域的汙染不會加重，甚至衝擊到沿海潮間帶的養殖產業，專管要拉到多遠才算安全，要審慎評估。